Bom dia Régis Rocha

Primeiro é importante mencionar o pagamento de pernoite é previsto em documento coletivo.

Em relação a incidências, existem julgados no sentido de que, se a pernoite é paga através de reembolso de despesas, comprovada pelo empregado não será considerado salário, não tendo, portanto, incidências, pois é considerada parcela indenizatória.

Por outro lado, há julgados no sentido de que se a pernoite ultrapassar 50% do salário do empregado dentro do mês, deverá ter incidência de FGTS conforme abaixo:

De qualquer forma, é oportuno consultar a Convenção ou Acordo Coletivo da respectiva categoria profissional, para aplicar de forma correta a remuneração (ou não) às diversas situações de pernoite.

Fundamento

CLT

Art. 235-D. Nas viagens de longa distância com duração superior a 7 (sete) dias, o repouso semanal será de 24 (vinte e quatro) horas por semana ou fração trabalhada, sem prejuízo do intervalo de repouso diário de 11 (onze) horas, totalizando 35 (trinta e cinco) horas, usufruído no retorno do motorista à base (matriz ou filial) ou ao seu domicílio, salvo se a empresa oferecer condições adequadas para o efetivo gozo do referido repouso. (Redação dada pela Lei nº 13.103, de 2015) (Vigência) (Vide ADI 5322)

Pernoite

Cruzamento de dados: ECD x ECF