No que diz respeito ao cálculo da hora noturna, nos horários mistos, assim entendidos os que abrangem períodos diurnos e noturnos, paga-se o adicional noturno apenas em relação às horas noturnas.

Vale ressaltar que o período noturno cumprido integralmente, aplicam-se às horas de trabalho noturno em relação às prorrogações de horários.

Súmula nº 60 do TST
Adicional noturno. Integração no salário e prorrogação em horário diurno
I - O adicional noturno, pago com habitualidade, integra o salário do empregado para todos os efeitos. (ex-Súmula nº 60 - RA 105/1974, DJ 24.10.1974)
II - Cumprida integralmente a jornada no período noturno e prorrogada esta, devido é também o adicional quanto às horas prorrogadas. Exegese do art. 73, § 5º, da CLT. (ex-OJ nº 6 da SBDI-1 - inserida em 25.11.1996)

Exemplos:

Jornada das 18:00 as 06:00 paga-se o adicional noturno das 22:00 as 06:00, pois cumpriu toda a sua jornada de horário noturno (22:00 as 5:00).
Jornada das 23:00 as 11:00 Paga-se o adicional noturno das 23:00 as 05:00, pois não cumpriu toda a jornada de horário noturno (23:00 as 5:00).

No entanto, conforme dispõe o parágrafo único do art. 59-A da CLT, quando se trata de jornada de trabalho em escala 12x36, a remuneração mensal pactuada pelo horário 12x36 abrange os pagamentos devidos pelo descanso semanal remunerado e pelo descanso em feriados, e serão considerados compensados os feriados e as prorrogações de trabalho noturno, quando houver, de que tratam o art. 70 e o § 5º do art. 73 desta Consolidação.

Sendo assim, entende-se, pela interpretação do artigo mencionado acima, que na jornada 12x36 não se aplica a extensão da jornada noturna a que se refere a Súmula 60 do TST.

Por outro lado, há julgados em que, mesmo após a Reforma trabalhista (onde foi inserida a regra descrita acima), deve-se estender a jornada noturna na qual teve o início em horário noturno e que compreende o labor integral em horário noturno, isto é, das 22h às 5h, como podemos observar abaixo:

Ementa:
EMPREGADOS DE EMPRESAS DE SEGURANÇA DO ESTADO DA BAHIA - SINDIVIGILANTES. JORNADA MISTA. REGIME 12X36. ADICIONAL NOTURNO. PRORROGAÇÃO NO PERÍODO DIURNO. A jurisprudência desta Corte, consubstanciada na Súmula nº 60, II, e na Orientação Jurisprudencial nº 388 da SBDI-1, é pacifica quanto à incidência do adicional noturno sobre as horas trabalhadas em prorrogação da jornada noturna, inclusive para os empregados sujeitos à jornada mista de 12x36. Desta orientação dissentiu o Tribunal Regional. Recurso de revista conhecido e provido, no particular. RECURSO DE REVISTA INTERPOSTO PELO RECLAMADO ESTADO DA BAHIA. CONTRATO DE PRESTAÇÃO DE SERVIÇOS. RESPONSABILIDADE SUBSIDIÁRIA DA ADMINISTRAÇÃO PUBLICA. NÃO CARACTERIZAÇÃO DE CULPA \"IN VIGILANDO\" E \"IN ELIGENDO\" CONSTITUCIONALIDADE DO ART. 71, § 1ª, DA LEI Nº 8.666/93. ADC Nº 16-DF. Não caracterizada a conduta culposa da tomadora dos serviços no cumprimento das obrigações da Lei nº 8.666/93, haja vista a decisão proferida pelo STF na ADC nº 16-DF, que declarou a constitucionalidade do art. 71, da Lei nº 8.666/93, não subsiste a condenação do recorrente como responsável subsidiário. Nos termos do item V da Súmula nº 331 desta Corte Superior, com redação aprovada pela Res. nº 174/2011, a aludida responsabilidade não decorre de mero inadimplemento das obrigações trabalhistas assumidas pela empresa regularmente contratada. Recurso de revista conhecido e provido, no particular. (TST - RECURSO DE REVISTA: RR 2200-42.2009.5.05.0020. Data publ. 25/05/2018)

Portanto, por haver duplo entendimento, você poderá aplicar a regra que entender ser mais coerente, ou a que a convenção da categoria dispuser sobre o assunto.

Prorrogação adicional noturno

Conferência mensal dos pagamentos para evitar diferenças no informe de rendimentos