Empresa no Estado de São Paulo - sede em um endereço e estoque em outro endereço

Empresa com um endereço da sede (matriz/ somente escritório administrativo) e outro para estoque/expedição (filial). Por favor, as notas de venda devem ser por qual CNPJ, pode ser da matriz ou devem ser obrigatoriamente pelo CNPJ da filial? Obrigado